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RRR申精:没动力学酶动力学~米氏方程简介
作者:车里雅宾斯克拖拉机厂 | 学科:生物学 | 发布时间:2026-10-24 05:10 | 状态:评审中
Type-3交流生物学精选申请

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作品正文

马上生物竞赛考试了,于是奋发图强(?)周末临时写了这么一篇小文章,权当复习罢。 沾染了生竞课的不良风气,全文人名都没翻译( 第一次写非历史精选,又加上很久没写点什么了以及手机打字,而且时间仓促,只用了不到一天,质量可能有所下降,请大家见谅。 使用了注释因为我感觉我有点啰嗦,扯了一些有意思但是没用的东西。 paperpass查重12%,AIGC10.74% paperyy查重15.3%,AIGC0% Part1:前置内容 在高中生物学课本里我们学过,酶(enzyme)的本质其实就是生物催化剂,自然也符合我们对催化剂的定义:在化学反应前后质量和化学性质不变,并且能加快反应速率的物质。被酶催化的物质我们称为底物(substrate)。绝大多数酶都是由蛋白质构成的,但也有少数由RNA构成,被称为核酶。由于核酶实在太少,未经说明,下文的酶一般都指的是蛋白质酶。 相比一般的催化剂,酶催化效率更高,可以将反应活化能降得更低。但同时,酶催化反应需要在合适的环境下进行,只有在合适的温度、pH值下才能正常反应,极端的温度或酸碱度会使酶变性,失去催化功能。对于催化某种可逆反应的酶,有时它对于正反两个方向都可以催化。就比如乳酸脱氢酶,它可以催化乳酸之间丙酮酸的互相转化(1)。 Part2:酶的专一性和稳态理论 以上是一些极为基本且宽泛的准备,现在我们进入正题。在开始推导之前,我觉得还是应该先补充一下稍微深入一点的内容。 首先是酶的专一性,有关学说已经经历了一百多年的发展。这几段比较难懂,不想看的可以直接跳过下面四段直接看第五段。 最初1894年德国化学家Emil Fisher提出了“锁与钥匙”学说,这不难理解:底物是一把钥匙,酶是锁,只有合适的钥匙才能打开特定的锁。但仔细一想我们就能发现不对劲,底物作为钥匙插进锁里之后,产物和底物并不一样,有时甚至差得远,那一个变了形的钥匙怎么从锁里拔出来?这就是Fisher的锁与钥匙学说最大的问题。 时间来到1946年,大名鼎鼎的美国化学家Linus Pauling(2)提出了过渡态互补学说。他认为,酶和底物在反应时并非一成不变的,两者都会形成过渡态,结构上发生改变,结合成能够互补的复合物,更容易形成产物。这不仅能解释酶的专一性,实际上也解释了酶催化的部分机制。 1958年,Daniel Koshland提出了诱导契合学说,认为酶与底物结合时,底物会诱导酶形成和自身契合的构象,这可以解释为什么酶可以催化可逆反应的正逆两种反应。不过在过渡态互补学说里我们就讲到,底物本身也会发生变化,这是诱导契合的一个缺陷。 我知道你可能没看懂Pauling和Koshland两个人的学说有什么区别,因为我之前学的时候最开始也没懂(),所以我再解释两句。前者主要是解释反应机理,而后者侧重于解释酶的变化本身。再换言之,第一个偏向生物化学第二个偏向化学生物,这么说你还不理解就去看<discussion=6685507a9e258e6b2f4ed285>这个</discussion>然后自己举一反三()。 然后我们再看稳态理论。有以上内容的铺垫,我们很容易就能理解了。酶先和底物结合产生复合物,复合物分解再形成产物并释放酶。反应掉多少复合物,酶就再结合多少底物生成复合物接着反应。它是1925年由George Briggs和John Haldane提出的,只不过我觉得其中的复合物概念先理解上文那两个学说再看会更好,其实问题不大。封面即为稳态理论的反应大概情况,可以写成下面这段式子: E+S<=>ES<=>E+P E是酶,S是底物,ES是复合物,P是产物。这两步反应都是可逆的,E和S产生ES的速率称为k1,ES解离变回E+S速率称为k-1,ES产生P和E速率k2(3),P和E变回ES速率k-2。 Part3:米氏方程推导 米氏方程是计算酶促反应中反应速率和底物浓度的关系式,可谓化繁为简,我给我一位不学生竞但是数学很好的室友看完后他大加赞赏,认为这是个十分优美的方程式。 显然,光有反应速率我们还什么都干不了,我们还需要知道物质的浓度。于是我们定义浓度表示为[X],X可以是酶、底物、产物等各种反应涉及到的物质。稳态理论还提出了一个名为米氏常数的数据,以Km(注意是大写)表示,数值上等于(k-1+k2)/k1,其单位在下文会进一步解释,由于已知反应的各个速率都认为是已知的,米氏常数一般也认为是已知量 好了,一切造物的工都已完毕,无疑之日已至,咕咕的车厂,为我等推导米氏方程(?): 首先,由已知可得:ES的产生既需要底物也需要酶,则其的速率v1=k1[E][S] ;同理可得其解离速率v2=k-1[ES]+k2[ES]=(k-1+k2)[ES]、要求的产物生成速率v=k2[ES] 由于稳态理论中v1=v2,即k1[E][S]=(k-1+k2)[ES] 显然[E]只包括游离的酶,Et表示酶的总量,那么[E]=[Et]-[ES] 于是乎将[E]带入,我们得到: k1([Et]-[ES])[S]=(k-1+k2)[ES] 以[ES]为主元化简: k1[Et][S]-k1[ES][S]=(k-1+k2)[ES] [ES]=k1[Et][S]/【k1[S]+(k-1+k2)】=[Et][S]/【[S]+(k-1+k2)/k1】 所以v=k2[Et][S]/【[S]+(k-1+k2)/k1】 将上文提到的Km代入得到:v=k2[Et][S]/([S]+Km) 接下来我们需要用一些极限思想,当底物浓度[S]极大的时候,Km可以忽略不计,此时认为全部的酶都和底物结合,Et=ES,则最大反应速率Vmax=k2[ES]=k2[Et] 将Vmax带入即可得到:v=Vmax[S]/([S]+Km) 推导完了,米氏方程最终表达式即为v=Vmax[S]/([S]+Km),Km已知,酶的浓度一般也是题干条件(或者实验定量好的),那么Vmax也可以得到。因此,我们把反应速率v和底物浓度直观联系了起来。相信你一定也和我的室友一样觉得米氏方程十分优美罢( Part4:一些次级结论 现在我们手上有这个式子:v=Vmax[S]/([S]+Km),以此为基础,我们可以推导出一些次级结论。 首先,当底物浓度[S]远小于Km时,方程就可变成v=Vmax[S]/Km,相当于v与[S]成正比,很好理解,底物很少的时候酶很空闲,来多少反应多少,这称为一级反应动力学。当[S]远大于Km,方程就是v=Vmax[S]/[S]=Vmax显而易见不必解释了,这称为零级反应动力学。 其次,一个十分特殊的时刻,当[S]=Km时,方程变为v=Vmax[S]/2[S]=Vmax/2,由此得到米氏常数的物理意义:反应速率为最大值一半时的底物浓度,也就是说,它的单位是浓度单位mol/L。 最后是作图。假如按照常规的结果来,我们可以得到一条近似于双曲线中一股的图像。但这并不直观更不美,所以我们还有一种更巧妙的作图方法:双倒数作图法,即方程两边都取倒数,即1/v=([S]+Km)/Vmax[S]=Km/Vmax·1/[S]+1/Vmax,横坐标是1/[S],纵坐标是1/v,图像是一条斜率为Km/Vmax,截距为1/Vmax的一次函数,这就优美多了。 我所要讲解的差不多就是这些了,那么事实上,根本没有这么简单的方程(悲)。生物体内单底物单产物的反应很少,双底物酶动力学太过于复杂。另一方面,还有一部分酶被称为别构酶,具有可以结合某些物质的调节部位改变活性,不适用于米氏方程。所以本文作为一个简单的介绍并不涉及(其实是书上没有某个屑自己也不会)。 注释 (1):不过乳酸脱氢酶主要是催化丙酮酸产生乳酸,这在糖代谢里我会细讲(但我也可能根本不会写糖代谢)。之所以叫乳酸脱氢酶,只是因为科学家是先发现它催化乳酸产生丙酮酸的反应罢了。 (2):简单介绍并稍微唠两句关于Pauling大师的轶闻,他发现了蛋白质的a螺旋(应为阿尔法螺旋,但打不出来)。不过他也犯过一个致命的错误:现在我们小学二年级就知道DNA是双螺旋,但经过他多年的计算,他于1952年发现:DNA的结构是三螺旋!显然是他失误了。此事在DNA里我会细讲(怎么感觉这话好耳熟) (3):k2还有一个正式名字叫做kcat,名为酶催化常数,表示的是酶的催化效率,由于名字带cat,我们不妨称之为薛猫速率() (本文完) 参考资料:生物化学简明教程 百度百科:酶及有关词条,如“酶的专一性”、“米氏方程”等

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评审员#08 2026-10-24 08:29 13.20 知识性 3.2 · 思考深度 3.2 · 行文 3.8 · 其他方面 3.0 -